Wissenschaftler des NMI, der Universität Tübingen, der TU München und der Universität Düsseldorf haben einen neuartigen Ansatz für hochparallelisierte Analysen von Hunderten von Proteinen und post-translationale Proteinmodifikationen etabliert. Die innovative Methodik basiert auf einer Kombination aus klassischem Western Blotting - dem Goldstandard in der Proteinerkennung - und der Multiplexing-Power der Luminex®-Bead-Technologie. Dadurch können derzeit bis zu 600 Gesamtproteine und Proteinmodifikationen aus einer Probe von kultivierten Zellen oder in vivo gewonnenem Gewebe nachgewiesen werden, basierend auf einer ständig wachsenden Liste von >1.000 validierten hochwertigen Antikörpern. DigiWest® erhöht somit die Leistung eines Western-Blots um den Faktor 300. Gleichzeitig ist die erforderliche Probenmenge minimal, was eine Quantifizierung aus wertvollen, begrenzten Proben ermöglicht.

Nach erfolgreichem technischem Benchmarking der DigiWest®-Methode wurde sie in zwei Fallstudien angewandt, um in einem zellbasierten Experiment die Mechanismen der Resistenz gegen das Krebsmedikament Lapatinib zu klären und verschiedene Formen des Mammakarzinoms aus primären Tumorabschnitten zu klassifizieren. In beiden Fällen identifizierten sie eine Reihe vielversprechender Kandidaten-Markerproteine, von denen einige phosphoryliert waren, und demonstrierten damit überzeugend die Überlegenheit des Proteinprofils im Vergleich zur klassischen DNA- und RNA-basierten Biomarker-Entdeckung.

Dr. Markus Templin, Leiter der Assay-Entwicklung am NMI und Senior-Autor der Publikation, kommentierte: "Nach einem Jahrzehnt genomischer Forschung sehnen sich die Wissenschaftler nach neuen Technologien, um die Komplexität der zellulären Signaltransduktion auf der Ebene der Proteinaktivierung zu analysieren, die allzu oft der eigentliche Mangel der Genomik war. Unsere DigiWest®-Methodik überwindet diese Einschränkung und bietet eine leistungsstarke und vielseitige Plattform im Proteomikmaßstab für eine Vielzahl von Anwendungen, darunter Lead Compound Profiling, Pathway Mapping, Biomarkerforschung und Präzisionsmedizinische Entwicklung".

NMI TT Pharmaservices, der Auftragsforschungsbereich des NMI, hat spezielle Laborkapazitäten aufgebaut, um der industriellen und akademischen Life-Science-Community vollständig anpassbare DigiWest®-Studien auf Honorarbasis anzubieten. Weitere Informationen finden Sie auf der DigiWest®-Website: www.digiwest.de

Die Volltextversion der DigiWest®-Publikation ist über die Website von Nature Communications zugänglich: www.nature.com/ncomms/2016/160923/ncomms12852/full/ncomms1